In Pfronten zwei Kliniken, die weit über die Grenzen des Allgäus anerkannt sind. In der "Fachklinik Allgäu" überwiegend allergische Beschwerden, Erkrankungen der Atemwege sowie seelische Beschwerden behandelt.

Das Akutkrankenhaus "St. Vinzenz-Kilink" ist neben der Notfallversorgung auf die orthopädische Chirurgie sowie auf die innere Medizin spezialisiert. Die Reha-Klinik "St. Vinzenz" hat die Schwerpunkte Geriaterie (Altersheilkunde) und Orthopädie.